如何使用PrimerPremier5軟件設(shè)計(jì)PCR引物?_飛外網(wǎng)

攻讀生物相關(guān)專業(yè)碩士、博士研究生或從事生物相關(guān)行業(yè)的人員經(jīng)常會(huì)做到PCR實(shí)驗(yàn),而進(jìn)行PCR的實(shí)驗(yàn)的首要前提則是需要設(shè)計(jì)一對(duì)好的引物,只有引物設(shè)計(jì)得恰當(dāng)、合理,那么PCR實(shí)驗(yàn)才能進(jìn)行得順利,并得到自己想要的目的擴(kuò)增產(chǎn)物。設(shè)計(jì)PCR引物的網(wǎng)站、軟件有很多種,但最經(jīng)典的應(yīng)該算是Primer Premier 5軟件,目前為止,還有不少人用該軟件設(shè)計(jì)引物,所以這里就簡(jiǎn)要介紹下如何用該軟件進(jìn)行一般PCR引物的設(shè)計(jì)。

操作方法01

首先下載安裝并激活Primer Premier 5 軟件,打開軟件,點(diǎn)擊左上角,選擇“File”→ “New” →“DNA Sequence”,然后復(fù)制參考模板DNA序列,在輸入框內(nèi)點(diǎn)擊Ctrl+V鍵,將DNA序列粘貼進(jìn)來:

02

接著點(diǎn)擊左上角“Primer”按鈕,再點(diǎn)擊“Search” 按鈕:

03

然后選擇并輸入一些參數(shù),一般最上面點(diǎn)擊“PCR Primer”,下面選擇“Pairs”,然后輸入上游(正義,Sense)鏈引物及下游(反義,Anti-sense)鏈引物的設(shè)計(jì)位置范圍,這個(gè)需要你預(yù)先知道你要擴(kuò)增的片段在哪里,大概估算一下,比如我想擴(kuò)增參考模板序列的200-2100中間這1900bp長(zhǎng)度的片段,我的上游引物就在1-200之間,下游引物就在1900-最尾部之間;接著再輸入一下PCR產(chǎn)物大小范圍,很簡(jiǎn)單,比如我想要200-2100中間的1900bp ,那么最小的PCR產(chǎn)物大小應(yīng)該是1900bp,當(dāng)然,一般軟件設(shè)計(jì)都會(huì)大于這個(gè)長(zhǎng)度的,所以最大的長(zhǎng)度可以不受限,但越長(zhǎng)往往越難擴(kuò),所以適度就好,這里我就輸入?yún)⒖寄0宓淖畲箝L(zhǎng)度;然后再選擇一下設(shè)計(jì)的引物長(zhǎng)短區(qū)間,一般23±3bp或5bp,引物長(zhǎng)度越長(zhǎng),一般退火溫度也會(huì)越高,搜索模式的話一般是選擇自動(dòng)“Automatic”:

04

接著按左下角的“OK”按鈕,再點(diǎn)一次彈出窗口的“OK”:

05

這時(shí),軟件自動(dòng)將已經(jīng)設(shè)計(jì)好的引物展示在右上角的窗口,默認(rèn)按引物對(duì)的分?jǐn)?shù)從高到低進(jìn)行排列,選中(巴黎世家是什么梗?2020年的七夕時(shí),Balenciaga依靠“土味廣告”成功出圈,迅速在時(shí)尚圈掀起了一場(chǎng)流量與話題的狂歡,當(dāng)時(shí)無一不在詬病七夕限定的“土味”。之后又憑借巴黎世家的經(jīng)典字母襪再次火了起來,短視頻平臺(tái)的播放量一路飆升,讓印有 Logo 的黑絲愈發(fā)受寵。)某一對(duì)引物后,左下角會(huì)出現(xiàn)該引物對(duì)的一些參數(shù),可以讓我們?cè)u(píng)判好壞,比如發(fā)夾結(jié)構(gòu)、二聚體、有沒有錯(cuò)配及引物的長(zhǎng)度、起始位置、GC含量等,你可以根據(jù)自己的要求選擇適合自己的引物,如果是小白的話,建議從分?jǐn)?shù)最高的引物對(duì)開始測(cè)試PCR擴(kuò)增效果。

06

最后,導(dǎo)出我們想到的引物對(duì)信息,點(diǎn)擊“File”→ “Print” →“Current Pair”,選擇“Primer Pair”進(jìn)行打印,一般用虛擬PDF打印機(jī)如Adobe、福昕、Doro之類的,確定后選擇保存位置、名字就可以了,后面我們可以打開輸出的PDF軟件瀏覽引物對(duì)的信息,并復(fù)制這些信息將其送到相應(yīng)的生物公司進(jìn)行引物對(duì)的合成。


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